大掌门作为一款武侠题材的策略卡牌手游，其核心玩法围绕江湖关卡展开。游戏中的关卡设计以武侠小说经典桥段为蓝本，每个大章节对应一个独立的江湖故事，例如燕子坞、黑木崖、笑傲江湖等。每个大章节下又分为若干小关卡，通常包含10-15个具体任务节点，玩家需依次挑战并解锁后续内容。关卡难度随进度提升，部分关卡设有特殊机制或强力BOSS，需针对性调整阵容策略。
关卡的星级评价体系直接影响资源获取效率。首次以三星评价通关可获得三倍经验与掌门威望奖励，同时解锁该关卡的跳过功能，便于后续重复刷取资源。每个大章节全部小关卡达成三星后，还可领取固定数量的体力包。部分关卡设有每日挑战次数限制，例如关底BOSS每天仅可挑战5次，而普通小BOSS则为10次，这些关卡是装备和武功秘籍的主要产出途径。
游戏关卡的推进与角色养成深度绑定。前期关卡如燕子坞主要产出丙级武器和初级武功，中期的聚闲庄、黑木崖等章节则开始掉落乙级武功和装备。部分特殊关卡如赤练仙子李莫愁关卡，因其掉落九阴白骨爪等优质单体武功，成为玩家每日必刷的目标。随着关卡难度提升，玩家需合理分配体力资源，优先攻克能带来关键装备或武功的节点。
部分关卡要求玩家以少打多，群攻技能的效果尤为关键；而某些关卡则存在属性克制关系，需调整弟子站位和技能搭配。关卡进度还会影响其他玩法解锁，例如血战玩法的排名与关卡通关数直接相关。对于非付费玩家而言，合理规划关卡推进节奏，集中资源培养核心弟子，是突破高难度关卡的关键。
大掌门的关卡体系构建了一个层次分明的武侠世界，通过渐进式的内容释放引导玩家深入体验。不同章节的关卡数量虽无明确统计，但其设计逻辑始终遵循挑战-成长-突破的循环模式，既保留了传统RPG的成长乐趣，也融入了策略卡牌游戏的深度搭配空间。
