神兽的捕捉是游戏的核心玩法之一。火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟这三大经典神兽的位置非常明确。火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，急冻鸟则需要前往双子岛，通过推石头堵住瀑布后才能见到。超梦则隐藏在华蓝洞窟最底层，捕捉前需确保队伍中有会冲浪和攀瀑的宝可梦。这些神兽的等级通常在50级左右，建议提前准备高级球或大师球以提高成功率。
雷公、炎帝和水君是另一组需要特定条件才能遇到的神兽。击败四大天王和冠军后，玩家需在夜晚使用神秘信件触发它们的出现。雷公出现在岩山顶端，炎帝位于熔岩洞深处，水君则藏匿于瀑布底部。这三只神兽的属性分别为电、火、水，队伍中需配备相应抗性的宝可梦。它们的移动范围较广，建议使用喷雾剂减少普通野生宝可梦的干扰，以提高遭遇效率。
迪奥西斯和洛奇亚的捕捉方式较为特殊。迪奥西斯需要在第九座彩虹岛完成拼图后才会出现，等级为30级。洛奇亚位于第八座彩虹岛右下方，等级高达70级，属性为超能力加飞行，推荐使用恶系或岩石系宝可梦应对。这两只神兽的捕捉难度较高，建议携带大量回复道具和状态异常技能，如催眠或麻痹，以稳定控制战场。
神兽的特性与能力是捕捉时需要考虑的重点。闪电鸟拥有高速度和强力电系技能，地面系宝可梦可完全免疫其攻击；急冻鸟的冰冻光线可能造成冰冻状态，火系宝可梦可抵消其效果。了解这些特性有助于制定更有效的捕捉策略。使用睡眠粉或麻痹粉等状态技能可显著提升捕捉概率，但需注意部分神兽对特定状态有抗性。
二周目内容为神兽捕捉提供了更多可能性。通关后，玩家可解锁七岛剧情，前往火焰山右侧山洞获取红宝石，或通过通信联机将丰缘地区的御三家传入火红版。这些扩展内容不仅丰富了神兽的种类，也增加了图鉴收集的深度。建议在二周目升级全国图鉴后，再系统性地规划捕捉路线，以优化游戏体验。
