时光机的正确运用是解开岛屿秘密的关键。启动时光机需要两块时间石块，分别位于工厂09房间和鲸鱼腹部，将其放入机器后还需破解密码系统。密码线索隐藏在二楼日记本的最后一页，使用铅笔涂抹被撕掉的页面会显现八个符号，这些符号需与工厂外星人房间墙上的光电图案对应排列。每位玩家遇到的符号顺序可能不同，必须通过实地观察才能准确输入。成功激活后，时光机将开启时空穿越功能，这是解开神庙石雕、古代石门等场景谜题的必要条件。
穿越到过去时空时，需重点记录手掌雕塑、石门图案等环境线索，这些信息与现代场景存在因果关联。例如古代获得的曼陀罗花能麻醉现代场景中的蜣螂，而现代取得的蓝色羽毛可交换古代种子。时空切换的合理运用能打破物品获取的时空壁垒，但要注意某些道具如时间石块具有唯一性，误操作可能导致流程卡顿。在飞船二楼休眠仓的解密环节中，必须结合两个时空收集的鱼骨、羽毛等物品才能合成最终能源块。
时光机的另一重要功能是改变环境状态。点亮现代灯塔后，需返回过去将种子交给小男孩，才能在现代触发大树生长剧情。类似机制还体现在绿色药水的使用上，该道具既能复活工厂外星人获取提示，也能为现代火箭提供燃料线索。时空联动的设计需要玩家建立双重思维，任何单一时空的探索都不足以推动主线进展。建议随身携带画板随时记录跨时空线索，避免频繁切换造成记忆混淆。
游戏后期在神庙和火箭场景，时光机的运用达到高潮。神庙拼图需要整合漂流瓶图案、蜣螂背纹等跨时空线索，而火箭发射则依赖时空穿梭获得的所有能量块。最终逃离环节中，必须精确还原石像眼睛对应的时空坐标，这个设计巧妙呼应了时光机的核心机制。整个流程证明，只有建立完整的时空认知体系，才能彻底解开迷失岛的时间悖论。
