研究协议是玩家提升科技实力、获取舰船蓝图的核心机制之一。该功能位于游戏主界面的研究模块内，玩家每天可签署5次协议，通过选择研究方向与合作企业解锁特定科技或舰船。研究协议分为定向与非定向两种，定向协议允许玩家在限定范围内抽取蓝图，而非定向协议则完全随机。
研究协议的签署流程分为三个阶段：选择委托企业、确定战略性能分类、筛选战术武器类型。委托企业包括木星工业、诺玛运输等，每家企业对应不同舰船类型。战略性能分为火力出众、持续作战等四类，战术武器则分为直射与投射两种。玩家需根据现有舰队配置和需求选择路线，例如选择木星工业→直射武器→战机和护航艇可优先获取孢子战斗机等高价值舰载机。
关于研究协议的攻略资源，玩家可通过九游网、哔哩哔哩视频平台及百度贴吧获取详细解析。九游网提供文字版路线推荐，哔哩哔哩有UP主制作的阶段流程视频，贴吧则汇集玩家实测经验。需注意，攻略内容可能随游戏版本调整而失效，建议结合多个来源交叉验证。部分第三方工具如研究协议模拟器可帮助玩家预判结果，但需谨慎依赖非官方数据。
研究协议的争议点在于蓝图获取概率不透明。尽管定向协议标榜必出蓝图，但高级舰船的实际掉落率较低，重复蓝图仅返还技术值。部分玩家认为该机制对资源有限的用户不够友好，而另一部分玩家则认为定向协议已显著降低随机性，需合理规划赛季内5次机会。
