构建一个属性全面且战术灵活的阵容是通关的关键。二周目的敌人等级和战术复杂度显著提升，因此队伍需要兼顾攻击、防御和速度的平衡。推荐优先选择初始御三家中的妙蛙花或喷火龙，两者在进化后能提供稳定的草/毒或火/飞行属性输出。水箭龟作为水系代表，能有效克制火系和岩石系敌人。电击兽或雷丘的高速电系攻击可针对水系和飞行系目标，而钢铁属性的大钢蛇则能提供坚实的防御屏障。
草属性的妙蛙花能压制水、岩石和地面系敌人，但其毒属性需注意超能力系的威胁。喷火龙的火/飞行双属性在对抗草、虫和冰系时优势明显，但需规避岩石和水系攻击。水箭龟的高防御和冲浪技能可应对火系与地面系敌人，而电系精灵如闪电鸟或雷丘能快速清理水系和飞行系目标。超能力系的胡地或超梦可补充对格斗系和毒系的压制力，但需警惕幽灵系和恶系的反制。
特殊战术型精灵能为队伍提供额外优势。急冻鸟的冰/飞行属性可针对龙系和飞行系敌人，其暴风雪技能附带冰冻效果。化石翼龙的岩石/飞行属性兼具高速度和爆发力，适合快速清场。辅助型精灵如皮可西或霸王花能通过睡眠粉或治愈技能控场，延长队伍续航能力。若追求极致输出，裂空座的龙/飞行属性搭配龙之舞可大幅提升攻速，但需注意冰系弱点。
主力输出精灵应配备本系高威力技能，如喷火龙的火焰喷射、水箭龟的水炮。控制类技能如催眠术或电磁波能干扰敌方行动，而强化技能如剑舞或冥想可提升战斗效率。防御型精灵建议携带回复类技能如睡觉，或状态抵抗技能如神秘守护。技能机的合理分配至关重要，例如攀瀑和碎岩等秘传技能需留给非主力精灵以节省战斗位。
实战中需根据敌方阵容灵活调整出战顺序。面对四天王时，冰系天王需优先用火系或钢系精灵压制，而龙系天王则依赖冰系或妖精系技能反制。火箭队余党多使用毒系和恶系精灵，超能力系或地面系可有效应对。野外遭遇高等级传说精灵时，建议携带大师球或通过状态异常提高捕捉成功率。
最终阵容的成型依赖于持续培养和资源投入。通过反复挑战训练师和野生精灵提升等级，利用进化石和技能机强化关键精灵。七岛任务中获取的彩虹通行证可解锁更多稀有精灵捕捉机会，如灯火山的火焰鸟或无人发电厂的闪电鸟。二周目的通关不仅是战术的胜利，更是对训练师综合能力的考验。
