恐怖种子因其独特的氛围和挑战性而受到玩家关注。其中最具代表性的种子包括666、404、Entity303等，这些种子往往与游戏中的都市传说或超自然现象相关联。666种子被广泛认为是最诡异的种子之一，玩家在出生点会发现诡异的十字架结构，悬崖山壁上还有倒挂的十字架，据传在凌晨三点游玩时可能出现游戏崩溃等异常现象。404种子最初因生成塌陷的沙砾地形而闻名，后来与Herobrine的传说产生关联，成为探索神秘事件的经典选择。
Entity303种子需要通过特定召唤阵激活，这个实体被描述为具有攻击性的神秘存在，召唤后玩家可能面临迅速死亡的风险。另一个值得关注的种子是boogeyman，被称为恶灵空间，玩家需要建造特定结构的苔石房间并撒上红石粉，夜晚时会听到玻璃破碎声并突然转为白天，营造出令人不安的氛围。008000种子则会将玩家置于孤岛上，夜晚逃离时会遭遇绿色史蒂夫的追击，这种神秘现象至今没有合理解释。
SCP1003和Slenderman种子将现实中的都市传说融入游戏体验。SCP1003种子与虚拟超自然组织SCP基金会相关，玩家可能发现与编号1003故事相关的内容。Slenderman种子则以瘦长鬼影为原型，这个在国外恐怖文化中具有重要地位的形象可能会随机出现在玩家周围。MidnightTerror种子则要求玩家在夜间冒险时避免使用任何光源，森林中出现的浮空花现象无法用游戏机制解释，增加了探索时的心理压力。
Notch的生日种子1979年6月与游戏创世神Notch及Herobrine的诞生传说相关，玩家在存档中探索超过11小时后可能发现两者的痕迹。Herobrine种子则需要长期游玩才可能遭遇相关事件，短暂尝试很难发现异常。这些种子共同特点是需要玩家投入时间观察环境细节变化，突然出现的异常现象往往令人措手不及。
恐怖种子的游玩体验很大程度上取决于玩家的心理预期和环境感知。建议探索时保持警惕，注意存档备份，部分种子可能在特定条件下触发游戏异常。这些内容虽然增加了游戏趣味性，但本质上仍是程序生成的随机现象，理性看待才能获得最佳体验。
