少年三国志2的故事背景围绕时空穿越与三国历史的奇幻交织展开。游戏设定在未来科技高度发达的时代，人类已掌握时空穿越技术，并成立时空局以维护历史进程的稳定。主角作为时空局的实习生，因三国时代突发混乱被卷入时空漩涡，意外进入三国世界并与同伴失散。这一设定巧妙融合科幻元素与历史题材，为玩家构建了一个既熟悉又充满未知的三国舞台。
故事的核心冲突源于吕布借助神秘力量三国志魔化，主角在协助刘关张击败吕布后，三国志意外爆炸碎裂成残卷散落各地。这些残卷蕴含特殊能量，既能强化历史人物的能力，也可能导致时空紊乱。主角为回归现代世界，必须收集全部残卷并修复三国志，同时对抗暗中收集残卷的神秘反派。这一主线任务将玩家置于拯救历史与自我救赎的双重使命中。
游戏对三国历史的再创造体现在魔化设定上。历史人物通过吸收三国志能量可突破常规战力，如魔化吕布拥有超越凡人的力量。这种设计既保留人物原型特征，又赋予其符合游戏世界观的超现实表现。主角作为穿越者，与曹操、刘备等势力的互动并非简单复刻史实，而是围绕残卷争夺展开全新叙事，形成历史为骨，幻想为翼的叙事结构。
时空局的存在暗示平行宇宙理论，而三国志作为穿越媒介的设定，其能量来源与爆炸原因留有悬念。神秘反派的身份及其目的构成隐藏线索，玩家需通过剧情推进逐步揭开谜底。这种悬疑元素的加入，使传统三国题材呈现出悬疑推理的叙事层次。
游戏通过名将传玩法深化角色塑造。玩家可化身赵云、张辽等名将亲历关键战役，如长坂坡之战、逍遥津之战等。这些支线剧情并非孤立存在，而是与主线残卷收集形成网状叙事，既补充人物背景，又强化改变历史的主题表达。武将的少年形象设计突破传统认知，突出意气风发的青春特质。
