忍术大师的特训方法是玩家提升角色战力的核心途径之一。特训玩法通常分为基础训练、进阶训练和实战训练三种模式，每种模式针对不同的能力维度进行强化。基础训练侧重于忍者的基础属性分配与技能释放时机，例如查克拉掌控和目标选择；进阶训练则涉及更复杂的战术配合，如追打衔接和站位调整；实战训练模拟真实对战环境，要求玩家综合运用前两种训练成果。特训过程中，玩家需根据忍者特性定制属性点分配方案，例如输出型忍者优先提升忍术或体术，防御型忍者则需均衡防御与抗性属性。
攻防特训是另一种高自由度的特训形式，玩家可自由搭配阵容并选择先攻或后攻阵营。先攻阵营在奇数回合优先出手，后攻阵营则全程享受10%属性加成，这种机制要求玩家根据阵容特点制定策略。属性定制环节允许玩家为忍者分配固定属性点，但需注意属性加点存在衰减效应，例如生命属性每点增加1000点后会衰减20点，其他属性每增加500点衰减10点。合理分配属性点能最大化忍者潜力，例如功能性忍者可侧重防御属性以延长生存时间。死斗模式与普通模式的区别在于胜负条件更为严苛，适合高阶玩家挑战。
极限特训包含极速特训、生存特训和强攻特训三个专项分支，分别由波风水门、四代目雷影和照美冥担任导师。极速特训考验玩家先攻属性，达标后可大幅降低敌方战力；生存特训要求队伍在指定回合内存活，推荐携带复活类忍者或防御型阵容；强攻特训则需在规定回合内击败对手，雷属性爆发阵容效果显著。完成5次挑战可获得影的嘉奖，而极限挑战需消耗特训积分激活，通关后奖励包括天道碎片等稀有道具。该玩法对队伍综合战力要求较高，建议优先提升核心忍者的关键属性。
忍者集训副本是系统化的特训体系，包含手位训练、目标训练等细分项目。手位训练要求玩家根据忍者技能范围调整站位，例如将范围攻击型忍者置于后排中心；目标训练需精确选择攻击顺序，优先击杀敌方治疗或控制单位。异常状态训练教授如何应对幻术、中毒等负面效果，而追打训练则强调连招衔接时机。这些训练会根据玩家等级逐步解锁，例如进阶训练需41级开放，实战训练需46级开放。每次完成训练任务可获得速之晶石、铜币等资源，失败时也能获得10勾玉晶石的保底奖励。
功夫特训是单人玩法，玩家需组合三种不同招式攻击训练桩。招式通过冒险副本、小队突袭等途径随机获取，特定招式组合能触发伤害加成效果。该玩法注重招式搭配策略而非战力数值，例如连续技优先选择破防类招式起手。时光忍术则针对回归玩家设计，可追回离线期间错过的经验、铜币等资源，但需注意体力与副本挑战次数无法补回。这两种特训形式为玩家提供了多样化的成长路径，兼顾休闲与硬核玩家的需求。
通灵兽实训和饰品特训是后期重要的强化手段。通灵兽实训通过模拟战提升通灵兽属性，例如蛤蟆吉的水系攻击或猿魔的物理暴击；饰品特训则专注于激活套装效果，如奥义特训套装可提升必杀奥义伤害，每升3级额外增加加成比例。这些特训需要玩家达到70级后解锁终末谷内容，并通过忍具召唤获取对应装备。建议优先培养与主力忍者属性契合的通灵兽，饰品则根据队伍战术需求选择控制强化或输出增益类套装。
